微生物EM（環境監測）檢測中最常遇到的問題之一與培養策略和培養基的選擇有關。
使用一種培養基（TSA）或者兩種培養基（TSA和SDA），使用單個溫度、兩個溫度，是否從低溫到高溫，還是高溫到低溫。影響微生物回收率的因素有：結果觀察時間(單一溫度通常比兩個溫度早)、成本(只用TSA比使用TSA+SDA便宜)以及微生物回收率的高低。很少有研究報告回收率相關的培養條件選擇，但是，已有報告單一溫度條件30-35℃培養對于霉菌回收的不如兩個溫度培養的好。下面的數據總結了在我們實驗室進行的一項小研究。
采用標準TSA LP80培養基、分別使用30-35℃@5天、25-30℃@5天、20-25℃@72小時+30-35℃@48小時3種方案進行評價。以SDA培養基20-25℃@5天條件為對照，對霉菌的回收情況進行評價。
這些樣本是從生產車間入口附近的非受控區域采集的，以確保足夠高的計數以獲得合適的數據大小。在每個地點取3個表面接觸皿和1個浮游菌(1立方SAS180)，每天取12個點。每個點取3組重復樣本，每個培養溫度測試1組樣品。實驗2中還收集了SDA樣本。樣本分別在12月至1月，以及9個月后的8月至9月采集，以覆蓋季節變化。培養后對每組樣品進行計數，以確定菌落計數。在實驗2中，三位分析員還計算了每個組的霉菌菌落數，并計算了每個樣本的平均值。
圖1、在試驗1的3天內，在每種培養策略下檢測到的細菌菌落總數
圖2、在試驗2的8月至9月的3天內，在每種培養策略下檢測到的細菌菌落總數
總的來說，25-30℃的單一溫度日變化最小，可能比其他2種方法回收了更多的菌落。這種類型的測試存在相當大的差異，因此需要研究更大的面以獲得更可靠的數據集。
霉菌檢測
在整個試驗過程中，每個試驗點霉菌菌落的發生頻率都被記錄下來。結果如圖3所示。正如我們所看到的那樣，SDA（22.5℃）回收了大部分的菌落，組合溫度（25-30℃+30-35℃）次之，然后是25-30℃，最后是30-35℃。在30-35℃條件下，回收率小于SDA（22.5℃）的1%。
圖3.在3天的試驗中，每種培養策略檢測到的霉菌菌落總數
總結
如果成本是驅動因素，那么單一培養基，組合溫度培養(從低到高)的TSA是*。如果速度是主要的要求，那么25-30℃的單一溫度是最/好的。如果需要全部回收，那么優選2種培養基，TSA和SDA。
