菌種的遺傳特性需要在一定條件下才能表現出來。由于培養條件不適當，使菌種處于不利于發酵生產的生理狀況，其結果也表現為菌種衰退。菌種處于不利于發酵的生理狀況有以下三個方面的原因。
① 一個菌種不是純的群體，而是由一些變異株混合組成，這些變異株所占的比例決定該菌種的特性。一個由單菌落發育而來的菌種在固體培養基上分離，可以長出許多種形態培養特征的菌落。這些不同的菌落類型在代謝和生長繁殖速度等方面有一定差異。培養條件可以影響各變異株在培養物中的比例而改變該菌種的特性。同一個菌種的單孢子分離在不同的培養基上，所生長出的單菌落，其形態培養特征有顯著差異，各種類型菌落所占的比例也不同。如灰色鏈霉菌(Streptomyces griseus)在豌豆瓊脂培養基上，單孢子分離呈現出3～4種菌落類型，而在黃豆粉培養基上僅出現兩種菌落類型。在開始菌種選育工作時，要研究單菌落的分離培養基，找出能呈現較多菌落類型的分離培養基。菌落類型和發酵產量之間存在著某種程度的相關性。在選種實踐中，人們經過對菌落形態的考察，有意識地丟棄一些被認為是低產的菌落，挑選那些可能是高產的菌落。
② 菌種培養基可通過影響菌種的生理狀況而影響發酵產量。菌種培養基營養過于豐富不利于孢子形成，因而影響發酵。菌種培養基營養貧乏也同樣不利于發酵。因為菌種在營養貧乏的培養基中多次傳代，會使菌體細胞內缺乏某些生長因子而衰老甚至死亡。因此，自然選育或菌種培養所用的培養基應選擇具有菌種傳代后生產能力下降不明顯、菌體不易衰老和自溶的正常形態菌落、孢子豐富的培養基。
③ 在某些培養條件下，菌體的某些基因處于活化狀態或阻遏狀態，而使菌種的生理狀態改變。這種改變可能以類似于生理性遲延或細胞分化的機制保持較長一段時間。
由于菌種的衰退將會引起發酵過程的產量急劇下降，一旦發生菌種衰退，就必須采取有效的預防和防治措施，防止菌種的優良性狀發生退化。同時若發現某些優良性狀退化，應及時進行分離純化，使生產菌種保持穩定的優良特性。防止菌種衰退的措施主要有菌種的復壯、提供良好的環境條件、定期純化菌種、防止自身突變等各個方面。
