1、生物效應是瞬時的

　　通過對體內活性蛋白前體的激活而迅速表現出活性。因為無需通過基因復制轉錄及表達等復雜的過程，所以能迅速對外界信號作出反應。此外這種反應又是定向而不可逆的，不同于體內其他一些酶的生物調控機制，例如一些磷酸化激酶，通過對蛋白質的磷酸化及去磷酸化使產生變構效應，從而進行可逆的生物調控。

　　2、以級聯反應的方式表達

　　即在第一級反應中被激活的蛋白質,本身就是催化下一級反應的蛋白酶,這樣就起著逐級放大的作用。例 2如一分子酶即使以很低的水平催化1000個分子底物反應，經兩級催化反應后就放大了100萬倍,因而機體對微弱的外界信號也能產生很強的生物效應。

　　3、存在正負反饋系統

　　從而使整個多級反應體系處于最佳狀態，例如在血凝過程中被激活的凝/血酶既能催化血纖維蛋白原使之轉變為血纖維蛋白，又能激活凝/血因子Ⅷ及Ⅴ，后者又進一步促進凝/血酶原的激活，這是正反饋，但凝/血酶又能自身降解凝/血酶原，使之不能再被激活，這是負反饋。

　　在催化同一活性蛋白前體時有時能產生兩種或兩種 以上生物功能各不相同的組分

　　例如促腎上腺激素、β-促脂肪激素及內啡肽都由同一前體蛋白水解產生。

　　參與生物調控的蛋白酶有時可通過兩種不同途徑產生同一生理效應，彼此間起到一定的互補作用。例如凝/血反應中既有血液中的內源性激活系統，又有組織中的外源性激活系統,兩者最后都通過凝/血因子X使凝/血酶原激活。

　　在蛋白酶所參與的一些重要生物調控體系中幾乎毫無例外都有相應的蛋白酶抑制劑存在。若在某些體系中蛋白酶與其相應抑制劑的平衡失調，就會引起病變。例如先天性靜脈血栓和血管神經性浮腫往往是與體內缺乏相應的抗凝/血酶抑制劑Ⅲ及補體C1抑制劑有關。